Vì hiện nay, cây hạt kín đang đc trồng phổ biến và chiếm ưu thế, mà cây hạt trần đương nhiên ko bằng hạt kín. Đặc điểm của cây hạt trần là cây thân gỗ, rễ cọc, lá kim, do đó thực vật hạt trần chỉ sống được ở một vài môi trường khí hậu nhất định. Tiếp đó cơ quan sinh sản là hạt nằm trên lá noãn hở. Bất lợi đầu tiên của việc này là hạt không được bảo vệ tốt như cây hạt kín, có thể bị tấn công của bất kỳ loài động vật nào. Tiếp đó, cây hạt kín có vỏ quả bao bọc, khi quả rụng, hạt cây có thể hấp thụ chất dinh dưỡng trong vỏ quả mà phát triển lên thành cây. Tuy nhiên, đặc điểm này lại không có ở thực vật hạt trần.