Nhiều loài vi khuẩn có trong cơ thể con người góp phần vào việc duy trì sự sống cho con người. Vi trùng có trong hệ tiêu hóa hỗ trợ con người hấp thụ các dưỡng chất ví dụ như đường phức tạp sẽ được lợi khuẩn chuyển hóa thành những dạng cơ thể sử dụng được. 

Lợi khuẩn có khả năng hỗ trợ cho hệ tiêu hóa con người bằng cách chuyển hóa chất dinh dưỡng thu được

Ngoài ra, một số loài giúp phòng ngừa bệnh tật bằng cách xâm chiếm những vị trí mà hại khuẩn gây bệnh muốn bám vào. Chúng còn giúp bảo vệ con người khỏi bệnh tật bằng việc tấn công vào những mầm bệnh.

Số lượng các tế bào vi trùng nhiều gấp 10 lần so với những tế bào có trong cơ thể con người. Một số loài có lối sống cộng sinh hay “thân thiện”, chia sẻ nơi sinh sống và nguồn tài nguyên bên trong cơ thể chúng ta mà không gây hại đến vật chủ mà còn đem lại sức khỏe tốt.

Theo nhiều nghiên cứu cho thấy rằng ruột là nơi được tìm thấy vi sinh vật có số lượng lớn nhất. Ruột người được cho là một môi trường sống tốt cho các loài vi trùng với nhiều dưỡng chất có sẵn. Trên tạp chí Gastroenterology tại Mỹ, tác giả đã thông tin rằng vi trùng đường ruột và một số vi sinh vật khác như E.Coli và Streptococcus đem lại nhiều lợi ích cho con người. 

Chúng hỗ trợ cho hoạt động tiêu hóa, ngăn ngừa sự xâm chiếm của các mầm bệnh có hại, hỗ trợ cho hệ miễn dịch. Cụ thể, một bệnh nhân mang bệnh Crohn gia tăng phản ứng miễn dịch chống lại những vi khuẩn đường ruột, theo 1 đánh giá được đưa ra vào năm 2003 trên tạp chí The Lancet.

Bên cạnh lợi ích dành cho con người, lợi khuẩn còn phục vụ cho nhiều lĩnh vực quan trọng khác.

Đối với ngành công nghệ thực phẩm, những vi khuẩn như acid lactic là Lactobacillus và Lactococcus kết hợp nấm men, nấm mốc,… được dùng để sản xuất thực phẩm như phô mai, nước tương, giấm, sữa chua.

Sữa chua có sự tham gia sản xuất của các lợi khuẩn

Ngoài ra, một số loại vi trùng có khả năng phá vỡ những hợp chất hữu cơ, điều này rất có lợi cho hoạt động xử lý chất thải, chất độc hại, làm sạch vấn nạn dầu tràn trên biển,… Những ngành công nghiệp như dược phẩm và hóa chất cũng lựa chọn vi trùng cho việc sản xuất một số loại hóa chất.

Vi trùng được dùng trong sinh học phân tử, trong sinh hóa và các nghiên cứu về di truyền do chúng có khả năng phát triển nhanh chóng và dễ dàng thao tác. Những nhà khoa học sử dụng chúng cho việc nghiên cứu quá trình hoạt động của gen và enzym. Lợi khuẩn cũng là nhân tố quan trọng để điều chế thuốc kháng sinh.

Bên cạnh những lợi ích kể trên thì đa phần vi trùng là loài vi sinh vật gây hại cho con người bởi chúng có khả năng gây bệnh và làm lây lan dịch bệnh. Trên cơ thể con người không có cơ quan nào mà hại khuẩn không thể tấn công. Một vài hại khuẩn có thể đem đến mầm bệnh cho con người, cụ thể như bệnh tả, bệnh bạch hầu, bệnh kiết lỵ, dịch hạch hay viêm phổi, bệnh lao,…

Nếu cơ thể chúng ta tiếp xúc với những loại vi trùng nhưng cơ thể nhận biết được đó là có hại thì hệ miễn dịch sẽ tiến hành tấn công chúng. Những phản ứng này có thể gây ra nhiều biểu hiện như sưng, viêm mà mắt thường có thể quan sát được như vết thương bị nhiễm trùng.

Hại khuẩn có thể tấn công con người nhờ có nội và ngoại độc tố có trong chúng. Để kháng lại sự xâm nhập của hại khuẩn, con người đã chế tạo ra nhiều loại thuốc kháng sinh. Đây là thuốc được dùng cho việc chữa trị nhiễm khuẩn. Thế nhưng, nhiều năm gần đây con người dần sử dụng thuốc kháng sinh sai cách và không cần thiết dẫn đến việc thúc đẩy sự lây lan của những chủng kháng kháng sinh.