Hệ thống nội màng được cấu tạo từ các loại màng khác nhau nằm bên trong tế bào chất bên trong tế bào nhân thực. Những màng này chia tế bào thành các ngăn về mặt cấu trúc và chức năng, hay còn gọi là bào quan. Ở sinh vật nhân thực các bào quan của hệ thống nội màng bao gồm: màng nhân, lưới nội bào, the bộ máy Golgi, tiêu thể, túi màng, endosome, và nhiều bào quan khác
hệ thống nội màng không bao gồm các màng của lục lạp hay ty thể, nhưng có thể đã tiến hóa từ cái thứ hai.