Hệ thống phóng đại là một trong các bộ phận kính hiển vi có vai trò quan trọng, bao gồm thị kính và vật kính. Khi quan sát, người sử dụng có thể chủ động điều chỉnh phù hợp để có thể thấy vật mẫu rõ ràng nhất.

• Thị kính: gồm có 2 loại ống đôi và ống đơn (Bản chất là một thấu kính hội tụ có tiêu cự rất ngắn, dùng để tạo ra ảnh thật của vật cần quan sát).
• Vật kính: vị trí quay về phía có mẫu vật, có 3 độ phóng đại chính của vật kính: x10, x40, x100. (Bản chất là một thấu kính hội tụ có tiêu cự ngắn để quan sát ảnh thật).