Nhiều vi khuẩn trong cơ thể đóng một vai trò quan trọng trong sự sống còn của con người. Vi khuẩn trong hệ thống tiêu hóa giúp con người hấp thu các chất dinh dưỡng, chẳng hạn như đường phức tạp, được vi khuẩn chuyển hóa thành các dạng mà cơ thể có thể sử dụng. Một số vi khuẩn cũng giúp ngăn ngừa bệnh bằng cách chiếm những nơi mà vi khuẩn gây bệnh muốn gắn vào. Một số vi khuẩn bảo vệ chúng ta khỏi bệnh tật bằng cách tấn công các mầm bệnh.