Với các giống dễ nhiễm sâu bệnh nên xử lý qua nước nóng 48-52oC (2 sôi, 3 lạnh) trước khi ngâm ủ. Nếu sử dụng hạt giống vừa thu hoạch để gieo mạ cho vụ sau (giống liền vụ) thì cần xử lý phá ngủ trước khi gieo. Hạt giống vừa mới thu hoạch về hoặc phơi khô chưa quá 10 ngày đem ngâm dưới ao, sông hoặc hồ từ 35 đến 40 giờ, sau đó vớt lên để khoảng một giờ cho ráo nước. Nếu không ngâm được dưới ao, sông, hồ mà phải ngâm hạt giống trong chậu, thùng, chum, vại... thì phải thay nước thường xuyên (3 - 4 giờ/lần). Nếu có điều kiện sấy khô ở nhiệt độ 45-50oC thì có thể ngâm hạt giống trong dung dịch axít nitric HNO3 nồng độ 0,2% (hai phần ngàn) trong thời gian 24 giờ, sau đó rửa sạch bằng nước lã vài lần trước khi đem ủ. Tùy từng giống có vỏ dày, mỏng hay mới, cũ, lúa thuần hay giống lai F1, mùa nóng hay mùa lạnh để định thời gian ngâm dài, ngắn cho phù hợp (từ 48 đến 72 giờ). Trong thời gian ngâm cần thay nước 2-3 lần, khi thấy hạt thóc trong, nhìn rõ phôi, hạt phình lên thì đem ủ ấm bằng rơm rạ hoặc bao tải ở nhiệt độ từ 30-35oC từ 30-36 giờ khi thấy mầm nhú như gai dứa là có thể đem gieo (thích hợp cho cả gieo sạ hàng bằng máy). Trong thời gian ủ nên đảo lại 2-3 lần và tưới nước đủ ẩm cho hạt mọc nhanh. Trường hợp thóc nảy mầm dưới 80%, dùng sàng để lọc những hạt chưa nảy mầm để ủ tiếp rồi mới đem gieo sau. Với hạt giống rau có xử lý thuốc chống nấm: Phần lớn các hạt giống (kể cả giống lương thực như ngô, thực phẩm như lạc, đậu tương và các hạt giống rau) đều được xử lý các loại thuốc chống nấm vừa để bảo quản, vừa giúp cây chống lại sự xâm nhập của nấm bệnh trong thời gian đầu ở vườn ươm. Tuy nhiên, tùy theo từng loại cây mà người sản xuất có cách xử lý khác nhau khi gieo ươm. KS. Nguyễn Trung Bình, Viện Nghiên cứu khoa học kỹ thuật Duyên hải Nam Trung bộ khuyến cáo bà con ngâm rửa sạch hết thuốc bảo quản hạt đậu phộng (lạc) trước khi ngâm ủ cho nứt nanh rồi đem gieo nhằm hạn chế tác động của thuốc chống nấm đến các vi khuẩn cố định đạm ở các nốt sần rễ cây họ đậu. Ngược lại, theo kinh nghiệm của Trưởng thôn Nguyễn Văn Khoa (thôn Am, xã Đồng Phú, huyện Lục Nam, tỉnh Bắc Giang), với các hạt giống rau bà con không nên ngâm trong nước ấm như khuyến cáo vì làm như vậy vô tình đã rửa sạch hết thuốc chống nấm có tác dụng ngăn chặn nấm bệnh xâm nhập, gây hại bộ rễ (chủ yếu là bệnh lở cổ rễ) của cây rau giống trong thời kỳ đầu. Cách làm của ông Khoa là nên ủ hạt giống trong khăn bông hoặc vải sạch có nhúng nước ấm cho đến khi thấy hạt “toát mồ hôi”, nứt nanh thì đem gieo. Với các hạt cây ăn quả có vỏ cứng: Với các hạt có vỏ cứng như trám, hồng, nhãn, vải, xoài v.v…, kinh nghiệm của nhiều người là phơi dưới nắng già, dùng búa gõ nhẹ xung quanh vỏ để “đánh thức” phôi hạt bên trong trước khi đem gieo sẽ giúp hạt nhanh nẩy mầm và nẩy mầm đều. Tuy nhiên, theo kinh nghiệm của các nhà khoa học Trung tâm Nghiên cứu cây ăn quả có múi Xuân Mai (trực thuộc Viện Nghiên cứu rau quả) thì có thể dùng dao khéo léo tách bỏ vỏ cứng và vỏ lụa của hạt giống rồi đem gieo thì đảm bảo tỷ lệ nẩy mầm hầu như 100% và rút ngắn được thời gian rất nhiều so với cách làm truyền thống trước đây, đặc biệt là xử lý các hạt cây ăn quả có múi như bưởi chua, trấp, quýt dại… để gieo hạt làm gốc ghép.