Sau khi ba tỉnh miền Tây Nam Kì rơi vào tay Pháp, phong trào kháng chiến trong nhân dân vẫn tiếp tục dâng cao. Một số văn thân, sĩ phu yêu nước bất hợp tác với giặc, tìm cách vượt biển ra vùng Bình Thuận (Nam Trung Kì) nhằm âm mưu cuộc kháng chiến lâu dài. Một số khác ở lại bám đất, bám dân, tiếp tục tiến hành cuộc vũ trang chống Pháp.
Con trai Trương Định là Trương Quyền đưa một bộ phận nghĩa binh lên Tây Ninh lập căn cứ mới. Ông còn liên lạc với Pu-côm-bô (người Cam-pu-chia) để tổ chức chống Pháp.
Năm 1867, tại vùng dọc theo sông Cửu Long có căn cứ Ba Tri (Bến Tre) do hai anh em Phan Tôn, Phan Liêm (con của Phan Thanh Giản) lãnh đạo. Nguyễn Trung Trực lập căn cứ ở Hòn Chông (Rạch Giá). Khi bị giặc bắt đem đi hành hình, ông đã khảng khái nói: “Bao giờ người Tây nhổ hết cỏ nước Nam thì mới hết người Nam đánh Tây”. Nguyễn Hữu Huân bị đi đày ngoài hải đảo, khi được tha về lại tiếp tục chống Pháp ở Tân An, Mĩ Tho đến năm 1875.
Những toán quân của Thân Văn Nhíp ở Mĩ Tho; an hem Đỗ Thừa Long, Đỗ Thừa Tự ở Tân An; Phạm Tòng ở Ba Tri; Lê Công Thành, Phan Văn Đạt, Phạm Văn Đạt, Âu Dương Lân ở Vĩnh Long, Long Xuyên, Cần Thơ hoạt động mạnh mẽ.
Trong những điều kiện khó khăn hơn nhiều so với thời kì thực dân Pháp mới xâm chiếm Nam Kì, phong trào kháng chiến ở ba tỉnh miền Tây vẫn diễn ra sôi nổi, bền bỉ. Tuy nhiên, do tương quan lực lượng ngày một chênh lệch không có lợi cho ta, vũ khí thì thô sơ, cuối cùng phong trào đều bị đàn áp và thất bại.
Cuộc kháng chiến của nhân dân Nam Kì nói chung, của nhân dân ba tỉnh miền Tây nói riêng, là những biểu hiện cụ thể, sinh động lòng yêu nước nồng nàn, ý chí bất khuất chống ngoại xâm của nhân dân ta.