Đột biến cấu trúc NST làm biến đổi cấu trúc NST, thay đổi số lượng hay trình tự các gen trên NST -> thay đổi hình dạng và cấu trúc NST. Có 4 loại là mất lặp đảo chuyển đoạn. Mất đoạn thường gây hại cho con người sv vì làm giảm số gen trên NST gây chết hoặc giảm sức sống do mất cân bằng gen (Vd ung thư máu). Lặp đoạn cũng gây mất cân bằng gen, gây hại cho con người, sinh vật. Đảo đoạn không làm mất vật chất di truyền trên NSt -> ít ảnh hưởng sức sống
chuyển đoạn nếu lớn thường gây chết hoặc mất sinh sảnh, nếu nhỏ có thể có lợi