Hệ tiêu hóa của cá chép có sự phân hóa rõ rệt :
- Miệng : tiếp nhận thức ăn
- Thực quản : ống dẫn thức ăn xuống dạ dày
- Dạ dày : tiết ra dịch tiêu hóa một phần thức ăn
- Ruột : tiết dịch ruột tiêu hóa thức ăn thành chất dinh dưỡng đi vào máu nuôi cơ thể cá
- Hậu môn : thải chất bã ra ngoài
- Gan : tiết ra mật, giúp tiêu hóa thức ăn .

Hệ tuần hoàn gồm tim và các mạch. Tim cá có 2 ngăn là: tâm nhĩ và tâm thất. Nối với các mạch tạo thành một vòng tuần hoàn kín.
Khi tâm thất co tống máu vào động mạch chủ bụng từ đó chuyển qua các mao mạch mang, ở đây xảy ra sự trao đổi khí, máu trở thành đỏ tươi, giàu oxi, theo động mạch chủ lưng đến các mao mạch ở cơ quan cung cấp oxi và các chất dinh dưỡng cho các cơ quan hoạt động. Máu từ các cơ quan theo tĩnh mạch bụng trở về tâm nhĩ. Khi tâm nhĩ co dồn máu sang tâm thất và cứ như vậy máu được vận chuyển trong một vòng kín.
Bài tiết Hai dải thận màu tím đỏ, nằm sát sống lưng, 2 bên cột sống, thận cá thuộc thận giữa (trung thận), còn đơn giản → lọc từ máu các chất độc để thải ra ngoài, nhưng khả năng lọc không cao.