Khởi nghĩa Yên Thế có những đặc điểm khác so với những cuộc khởi nghĩa cùng thời đó là:

- Mục tiêu: bảo vệ xóm làng, cuộc sống của mình, không phải là khôi phục chế độ phong kiến, bảo vệ ngôi vua như các cuộc khởi nghĩa cùng thời.

- Lãnh đạo: không phải các văn thân, sĩ phu mà là những người xuất thân từ nông dân với những phẩm chất đặc biệt (tiêu biểu là Hoàng Hoa Thám): căm thù đế quốc, phong kiến, mưu trí, dũng cảm, sáng tạo, trung thành với quyền lợi của những người cùng cảnh ngộ, hết sức thương yêu nghĩa quân.

- Lực lượng tham gia: đều là những người nông dân cần cù, chất phác, yêu cuộc sống.

- Địa bàn hoạt động: khởi nghĩa Yên Thế nổ ra ở vùng rừng núi trung du Bắc Kì.

- Về cách đánh: nghĩa quân Yên Thế có lối đánh linh hoạt, cơ động, giảng hòa khi cần thiết,...

- Thời gian tồn tại: cuộc khởi nghĩa tồn tại dai dẳng suốt 30 năm, gây cho địch nhiều tổn thất.

- Ý nghĩa: khởi nghĩa Yên Thế tiêu biểu cho tinh thần quật khởi của nông dân, có tác dụng làm chậm quá trình xâm lược, bình định vùng trung du và miền núi phía Bắc của thực dân Pháp.

- Tính chất: là một phong trào yêu nước, không nằm trong phong trào Cần Vương.