Nguyên nhân gây bệnh kiết lỵ đó là do vi khuẩn shigella gây viêm toàn bộ đại tràng và trực tràng. Bệnh thường lây qua phân. Người thân trong gia đình bị bệnh, đi vệ sinh không rửa tay, lấy thực phẩm cho bé ăn hoặc mua thực phẩm đường phố có nhiễm vi khuẩn shigella".

Bên cạnh đó, trong nhà nuôi chó, mèo, phân chó, mèo cũng chứa vi khuẩn gây bệnh cũng có thể là nguyên nhân gây bệnh. Trẻ thích chơi với súc vật, sờ vào lông, bò ra nền nhà rồi đưa tay vào miệng…Ruồi nhặng cũng là một trong những trung gian truyền bệnh, dẫn đến bệnh kiết lỵ ở người.