Tác giả sách cho biết trước khi Pháp vào (chiếm thành Gia Định và thôn tính Nam kỳ), chợ Bến Thành nằm trên bờ kinh Chợ Vải (thời kỳ đầu chợ xây bằng gạch, sườn gỗ, lợp mái tranh). Sở dĩ chợ có tên như vậy là vì nó nằm gần bến ở con kinh dẫn vào thành Quy (còn gọi là thành Bát Quái hoặc thành Gia Định).
Trong cuốn Gia Định Thành thông chí, danh sĩ Trịnh Hoài Đức (1765-1825) mô tả khu chợ Bến Thành này vào đầu thế kỷ 19 như sau: “Phố, chợ, nhà cửa rất trù mật, họp chợ dọc ven sông. Ở đầu bến, theo lệ tháng đầu xuân gặp ngày tế mã, có thao diễn thủy binh. Bến này có đò ngang đón chở khách buôn tàu biển lên bờ. Đầu phía bắc là ngòi Sa Ngư, có bắc cầu ván ngang qua, hai bên nách cầu có phố bằng ngói, tụ tập hàng trăm thức hàng hóa, dọc bến sông thuyền buôn lớn nhỏ đậu nối liền nhau”.

Chợ Bến Thành cũ trên đại lộ Charner cuối thế kỷ 19. Lúc này, kinh Charner đã bị lấp (1887) và thay bằng đường ray xe điện (tramway). Ảnh tư liệu. 
Thời thuộc Pháp, khu chợ được mở từ 2 phía, một bên là kinh Thị Vải (Grrand Canal nay là đại lộ Nguyễn Huệ) và một bên là đường Adran (nay là đường Hồ Tùng Mậu). Theo tường thuật của A. Petiton trong cuốn La Cochinchine française: la vie à Saïgon, notes de voyage: vào khoảng năm 1869 - 1870, những dãy tiệm buôn bán ở đường Adran và đường Chaigneau (nay là Tôn Thất Đạm) phần lớn đều là của người Hoa.
Năm 1870, một trận hỏa hoạn đã diễn ra tại khu chợ khiến một trong những căn nhà lồng mái tranh bị thiêu rụi. Trước đó, vào khoảng năm 1868, chính quyền Pháp ở Sài Gòn đã bàn đến yêu cầu phải xây lại những nhà lồng chợ lợp mái tranh (halles) ở khu vực chợ Bến Thành, mà người Pháp gọi là (Marché de Saigon) bằng nhà lồng chợ có khung sắt lợp ngói, nhưng rồi ngần ngại nên không đi đến quyết định.
Cuối năm 1870, công trình xây lại khu chợ bằng nhà lồng có khung sắt mái ngói bắt đầu được khởi công (người ta dự kiến, khoảng 2 - 3 năm sau thì xây xong). Cũng trong thời gian này, nhu cầu xây dựng một ngôi chợ trung tâm mới cũng bắt đầu được chính quyền thành phố Sài Gòn bàn tính đến.

Khu vực chợ Bến Thành thập niên 1920. Ga Sài Gòn thời điểm này nằm ở phía trái, cạnh bùng binh chợ Bến Thành. Ảnh tư liệu. 
Một số tư liệu cho biết vào những năm 1880, khu chợ Bến Thành kinh Chợ Vải rất sầm uất, tàu thuyền ở các nơi tấp nập đổ về. Mô tả về sự sầm uất và huyên náo của bến cảng và phố xá Sài Gòn vào khoảng năm 1880-1882, ông Hai Đức trong bài Gia Định phong cảnh vịnh viết như sau: “Dưới sông tàu lửa đậu liền / Từ đồn Giao Khẩu sấp lên Bà Nghè / Thông lưu các nước bộn bề / Có tàu Đông Việt, có ghe Bắc kỳ / Bán buôn vật nọ hàng kia / Lao xao thương khách biết gì là đông / Chiếc qua chiếc lại đầy sông / Mù mù khói tỏa, đùng đùng máy kêu…”.
Về sau này, khu chợ Bến Thành ở Kinh Chợ Vải dời về địa điểm khu đầm lầy Boresse, từ đó người dân gọi khu chợ này là chợ Cũ, còn ngôi chợ mới (xây xong năm 1914) gọi là chợ Mới, sau mang tên là Bến Thành. Theo biên bản họp Hội đồng thành phố Sài Gòn ngày 23/11/1893, vào năm 1860, khu vực chợ Bến Thành và ga xe lửa Sài Gòn sau này vẫn còn là một bãi đầm sình lầy hoang vắng. Người Pháp gọi là marais Boresse, người Việt gọi là ao Bồ - rệt. Nơi này có nhiều vũng ao tù nước đọng làm thành những ổ dịch bệnh. Ở đây còn có cả cầu khỉ…

Chợ Bến Thành vào khoảng năm 1920. Ảnh tư liệu.  
Từ năm 1878, Hội đồng thành phố Sài Gòn bắt đầu quan tâm tới chuyện lấp đất khu đầm lầy này. Cuối năm 1893, tuy chưa lấp xong, nhưng Sở Công chánh đã làm mấy con đường băng qua khu này, với ý đồ của nhà cầm quyền của thành phố là biến đầm Boresse thành 1 trung tâm thương mại. Vậy là, sau 23 năm bắt đầu tính đến nhu cầu xây dựng một ngôi chợ trung tâm mới (1870), thì câu chuyện này mới được chính quyền thành phố Sài Gòn nhắc lại.
Đến năm 1903, chính quyền thành phố thể hiện quyết tâm xây dựng một “khu chợ trung tâm cho xứng tầm với thành phố”. Tuy nhiên, phải đến năm 1908, địa điểm xây khu chợ này mới được quyết định dứt khoát (tại địa điểm chợ Bến Thành ngày nay). Sau khi đã quyết định xây dựng chợ Bến Thành (mới) tại đây, chính quyền Pháp cho đập phá phần lớn ngôi chợ cũ (nơi đây về sau trở thành Tổng Nha Ngân khố, nhìn ra đường Nguyễn Huệ).
Năm 1913, ngôi chợ trung tâm thành phố Sài Gòn được khởi công với kinh phí là 400.000 franc. Công trình do hãng Brrossard et Mopin đảm nhiệm và chợ Bến Thành được khánh thành vào đầu năm 1914.