Trong ngày thứ nhất, cửa hàng bán được 3/4 x 96 = 72 hộp bánh.
Trong ngày thứ hai, cửa hàng bán được 1/4 x 72 = 18 hộp bánh.
Tổng số hộp bánh đã bán sau 2 ngày là 72 + 18 = 90 hộp bánh.
Vậy sau 2 ngày bán, cửa hàng còn lại 96 - 90 = 6 hộp bánh.