Để giải bài toán này, trước tiên chúng ta cần xác định ký hiệu cho các kiểu gen và kiểu hình của từng tính trạng.

**Ký hiệu:**
- Giả sử:
- P: cây cao quả dài: \(AA \, BB\) (thuần chủng)
- Q: cây thấp quả tròn: \(aa \, bb\) (thuần chủng)
- F1: Cây cao quả tròn: \(Aa \, Bb\)

### Thành phần kiểu hình F2:
- Kiểu hình thân cao quả dài: Cây cao quả dài (giả sử có kiểu gen \(AA \, BB\) hoặc \(Aa \, Bb\))
- Kiểu hình thân cao quả tròn: Cây cao quả tròn (kiểu gen \(Aa \, bb\))
- Kiểu hình thân thấp quả dài: Cây thấp quả dài (kiểu gen \(aa \, Bb\))
- Kiểu hình thân thấp quả tròn: Cây thấp quả tròn (kiểu gen \(aa \, bb\))

### Tỉ lệ kiểu hình:
Để xác định tỉ lệ kiểu hình trong F2, chúng ta xem xét quá trình phân li của từng cặp gen.

Khi F1 được tự thụ phấn, ta có thể sử dụng phương pháp phân tích di truyền 2 cặp gen:

#### Các phép lai trong F2:
1. Lai F2 cho từng cặp gen:
- Tỉ lệ kiểu hình cho tính trạng chiều cao (gen A):
- Cây cao mới xuất hiện (AA hoặc Aa) sẽ chiếm 3 phần (AA, Aa)
- Cây thấp chỉ có 1 phần (aa)

=> Tỉ lệ chiều cao: \(3 \, : \, 1\)

2. Lai F2 cho từng cặp gen:
- Tỉ lệ kiểu hình cho tính trạng quả (gen B):
- Kiểu hình quả dài (BB hoặc Bb) sẽ chiếm 3 phần (BB, Bb)
- Kiểu hình quả tròn chỉ có 1 phần (bb)

=> Tỉ lệ quả: \(3 \, : \, 1\)

#### Tổng hợp tỉ lệ:
Khi tổng hợp tỉ lệ 2 tính trạng (hoán vị gen):
- Tỉ lệ tổng quát cho F2 sẽ là: \(9 \, : \, 3 \, : \, 3 \, : \, 1\)

### Tính số lượng cây theo tỉ lệ:
Tổng cộng có 36,000 cây trong F2, trong đó số cây cao quả dài là 8,640:
- Tỉ lệ kiểu hình cao quả dài là \( \frac{9}{16} = 8640 \)

Từ đó, bài toán sẽ là:
- Tổng cây: 36,000
- Tỷ lệ cây cao quả dài = \( \frac{8640}{36000} \)

### Sơ đồ lai:
1. Lai P:
- \( AA \, BB \) (cây cao quả dài) x \( aa \, bb \) (cây thấp quả tròn)
- Kết quả: \( Aa \, Bb \) (cây cao quả tròn)

2. Lai F1:
- \( Aa \, Bb \) x \( Aa \, Bb \)
- Kết quả:
- Kiểu hình và số lượng cây:
- Cao quả dài: 8640
- Cao quả tròn: \( (3/16) \times 36000 = 6,750 \)
- Thấp quả dài: \( (3/16) \times 36000 = 6,750 \)
- Thấp quả tròn: \( (1/16) \times 36000 = 2,250 \)

### Kết luận:
Kết quả cuối cùng sẽ cho ta xác nhận rằng với 36,000 cây F2 thì các tỉ lệ xác định và sự phân ly của kiểu hình là đúng với mô hình di truyền Mendel.