Để xác định số lượng phần tử trong tập hợp A của các số tự nhiên có 3 chữ số, ta cần xác định các số ba chữ số đầu tiên và cuối cùng.

- Số tự nhiên có 3 chữ số nhỏ nhất là 100.
- Số tự nhiên có 3 chữ số lớn nhất là 999.

Số lượng các số trong khoảng từ 100 đến 999 được tính bằng công thức:

\[
999 - 100 + 1 = 900
\]

Vậy tập hợp A có 900 phần tử. Đáp án đúng là:

**C. 900**