Mức độ tiến hóa giữa các loài có thể được phản ánh qua một số yếu tố của nhiễm sắc thể, trong đó các yếu tố chính bao gồm:
Số lượng nhiễm sắc thể: Số lượng nhiễm sắc thể có thể thay đổi giữa các loài và có thể phản ánh sự khác biệt về tiến hóa. Ví dụ, một số loài có thể có số lượng nhiễm sắc thể khác biệt đáng kể so với tổ tiên của chúng do sự kiện như phân chia nhiễm sắc thể hoặc sự hòa hợp nhiễm sắc thể.
Cấu trúc nhiễm sắc thể: Sự thay đổi trong cấu trúc của nhiễm sắc thể, chẳng hạn như các đột biến cấu trúc (chèn, mất, đảo, hoặc chuyển đoạn nhiễm sắc thể) cũng có thể chỉ ra các mức độ tiến hóa khác nhau giữa các loài. Những thay đổi này có thể ảnh hưởng đến chức năng gene và sự điều chỉnh của chúng.
Sự tổ chức và phân bố của các gene: Các loài khác nhau có thể có sự khác biệt trong cách sắp xếp gene trên nhiễm sắc thể. Những sự khác biệt này có thể phản ánh quá trình tiến hóa và thích nghi của loài với môi trường của chúng.
Sự hiện diện của các yếu tố di truyền phụ: Các yếu tố như các yếu tố di truyền không mã hóa (như các đoạn DNA lặp lại hoặc các yếu tố di truyền di động) có thể khác nhau giữa các loài và cung cấp thông tin về sự phát triển và tiến hóa của các loài.