Phân bón hữu cơ được sử dụng không đúng kĩ thuật hoặc sử dụng khi chưa đảm bảo yêu cầu về ủ, chế biến có nguy cơ gây ô nhiễm nguồn nước khi bị rửa trôi và gây ô nhiễm không khí khi bị phân huỷ. Do đó, các nguyên liệu dùng làm phân hữu cơ truyền thống cần phải ủ cho hoai mục trước khi sử dụng.

Ngoài ra, việc ủ cho hoai mục còn giúp cây dễ dàng hấp thụ chất dinh dưỡng và hạn chế mầm bệnh.