Chất thải hữu cơ chủ yếu là sinh khối thực vật với thành phần cellulose và pectin chiếm tỉ lệ lớn, ngoài ra còn có thể chứa các protein phức tạp, các chất béo,… → Khi phân giải các hợp chất hữu cơ gây ô nhiễm, các vi sinh vật đã tạo thành các sản phẩm chính là các đường đơn, các amino acid, các acid béo,… cung cấp nguyên liệu và năng lượng cho vi sinh vật sinh trưởng ngoài ra còn một số sản phẩm trung gian có lợi cho con người.