Vi sinh vật phân giải chất thải hữu cơ bằng cách: Vi sinh vật có khả năng tiết các enzyme ra ngoài môi trường để phân giải các chất thải hữu cơ phức tạp như cellulose, tinh bột, protein, lipid,.... thành những chất hữu cơ đơn giản, sau đó mới hấp thụ các chất này vào cơ thể để cung cấp cho các hoạt động sống.