Ao nuôi mật độ cao thường có hàm lượng ammonia tăng cao vì:

- Mật độ cao dẫn đến lượng thức ăn tiêu thụ và chất thải bài tiết cao.

- Thức ăn dư thừa, phân, xác tảo,… là những nguồn cung cấp ammonia cho ao nuôi.

- Lượng oxy hòa tan thấp, hạn chế hoạt động của các vi sinh vật phân hủy ammonia.

- Vi sinh vật phân hủy ammonia cần oxy để chuyển đổi ammonia thành nitrite và nitrate. Khi thiếu oxy, quá trình này diễn ra chậm chạp, dẫn đến tích tụ ammonia trong ao.

- Diện tích mặt nước nhỏ, hạn chế sự trao đổi khí với môi trường bên ngoài.

- Ammonia là một khí có thể bay hơi, nhưng ao nuôi mật độ cao có diện tích mặt nước nhỏ, hạn chế sự thoát ammonia ra ngoài môi trường.