Một vài ứng dụng của vi sinh vật trong thực tiễn:

- Vi sinh vật hóa dị dưỡng được ứng dụng trong khử mùi chuồng trại, nước thải chăn nuôi; ứng dụng trong công nghệ thực phẩm như sản xuất rượu, bia, giấm, sữa chua,…; ứng dụng trong sản xuất men vi sinh;…

- Vi sinh vật hóa tự dưỡng được dùng để dản xuất phân bón hữu cơ vi sinh,…

- Vi sinh vật quang tự dưỡng được ứng dụng sản xuất thực phẩm chức năng, thức ăn trong nuôi thủy sản,…

- Vi sinh vật quang dị dưỡng được ứng dụng để sản xuất thu sinh khối làm thức ăn cho gia súc, tôm cá,…; xử lí nước ao nuôi trong nuôi trồng thủy sản;…