Việc chia tế bào thành nhiều xoang tách biệt tạo điều kiện thuận lợi để enzyme hoạt động, từ đó, quá trình chuyển hoá năng lượng trong tế bào diễn ra hiệu quả:

- Enzyme sẽ hoạt động tốt hơn trong các không gian riêng biệt như trong các bào quan có màng bao bọc hoặc trong hệ thống lưới nội chất vì hoạt tính của enzyme sẽ không bị ảnh hưởng bởi các yếu tố như độ pH, các chất ức chế.

- Những enzyme tham gia vào quá trình tổng hợp một chất nào đó trong một con đường chuyển hóa thường được cố định liền nhau trong hệ thống mạng lưới nội chất hoặc trong bào quan, nhờ vậy, sản phẩm của phản ứng này được dùng làm cơ chất cho phản ứng kế tiếp, do đó sẽ tiết kiệm năng lượng vận chuyển cơ chất đến enzyme cũng như tiết kiệm thời gian tổng hợp các chất.

- Các enzyme nằm trong các xoang riêng biệt cũng dễ dàng được hoạt hoá hay làm bất hoạt khi tế bào thay đổi các chất hoạt hoá hay ức chế enzyme. Ví dụ: Enzyme trong lysosome thường được giữ ở trạng thái bất hoạt nhờ có độ pH cao trong lysosome. Khi lysosome cần phân giải các chất thì các bơm proton sẽ bơm H⁺ vào làm giảm pH dẫn đến hoạt hoá enzyme.