- Enzyme thường được dùng ở dạng tự do khi cơ chất là các chất không tan như cellulose, tinh bột, các chế phẩm và phụ phẩm dạng rắn trong công nghiệp chế biến,…

- Enzyme thường được dùng ở dạng cố định khi muốn tái sử dụng enzyme nhiều lần và cơ chất ở dạng hòa tan.

- Enzyme thường được dùng ở dạng trong tế bào khi sản phẩm chuyển hóa đòi hỏi sự xúc tác của enzyme có gắn với coenzyme hoặc của phức hệ nhiều enzyme phức tạp trong tế bào, đòi hỏi năng lượng ATP.