Sinh sản vô tính không thể được sử dụng phổ biến trong chọn giống cây trồng. Vì trong sinh sản vô tính hầu như các cá thể con mang đặc điểm di truyền giống nhau và giống cá thể mẹ nên hầu như không tạo được nguồn vật liệu di truyền cho chọn giống.