Một số biện pháp truyền thống để giảm thiểu việc bón phân hoá học là biện pháp trồng xen canh, luân canh:

- Xen canh là biện pháp trồng nhiều loại cây đan xen nhau trên cùng một diện tích, còn luân canh là trồng luân phiên nhiều loại cây trên một diện tích vào các vụ mùa khác nhau trong năm. Đây là biện pháp canh tác truyền thống nhưng rất hiệu quả để duy trì nền nông nghiệp sạch bền vững. Biện pháp này giúp bổ sung dinh dưỡng khoáng tự nhiên đúng loại, đúng liều lượng cây cần.

- Ví dụ: Một số cây họ Đậu có khả năng cố định nitrogen từ không khí nhờ có vi sinh vật cộng sinh, do vậy có thể cung cấp nitrogen cho đất. Trồng luân canh, xen canh cây họ Đậu với cây trồng khác sẽ hạn chế sử dụng phân hoá học mà năng suất cây trồng không bị giảm nhiều.