Để tìm số bị trừ là số nhỏ nhất có ba chữ số mà hiệu với số trừ là 99, ta có thể thiết lập công thức:

Giả sử số bị trừ là \( x \) và số trừ là \( y \). Theo đề bài, ta có:

\[
x - y = 99
\]

Vì \( x \) là số nhỏ nhất có ba chữ số, \( x \) sẽ bằng 100. Thay vào công thức trên, ta có:

\[
100 - y = 99
\]

Giải phương trình này, ta tìm được số trừ \( y \):

\[
y = 100 - 99 = 1
\]

Vậy số bị trừ là 100 và số trừ là 1.

Tóm lại, số bị trừ là 100.