Các trung tâm trao đổi, buôn bán chính:
Hội An (Quảng Nam): Đây là cảng thị quốc tế sầm uất nhất Đàng Trong trong giai đoạn này. Hội An là nơi giao thương của các thương nhân đến từ nhiều quốc gia như Nhật Bản, Trung Quốc, Bồ Đào Nha, Hà Lan, Anh,... Các mặt hàng trao đổi rất đa dạng, bao gồm tơ lụa, đồ gốm sứ, trầm hương, hồ tiêu, đường mía,... Hội An đóng vai trò quan trọng trong việc kết nối Đàng Trong với thị trường khu vực và thế giới.
Thanh Hà (Phú Xuân - Huế): Cảng Thanh Hà, nằm gần kinh đô Phú Xuân, cũng là một trung tâm thương mại quan trọng. Nơi đây chủ yếu trao đổi hàng hóa với các thương nhân người Hoa và là trung tâm trung chuyển hàng hóa giữa các vùng trong nước như Thuận - Quảng và Gia Định - Đồng Nai.
Nước Mặn (Bình Định): Đây là một cảng biển quan trọng khác ở Đàng Trong, đặc biệt trong việc buôn bán với các nước Đông Nam Á.
Các chợ địa phương: Bên cạnh các cảng thị lớn, mạng lưới chợ địa phương cũng phát triển rộng khắp, phục vụ nhu cầu trao đổi hàng hóa trong nội địa. Một số chợ nổi tiếng có thể kể đến như chợ Mai, chợ Hôm, chợ Chiền, chợ Thế Lại, chợ Xước, chợ Cầu,...
Các yếu tố thúc đẩy sự phát triển thương mại:
Chính sách khuyến khích thương mại của các chúa Nguyễn: Các chúa Nguyễn đã thực hiện nhiều chính sách nhằm khuyến khích thương mại, như mở cửa giao thương với nước ngoài, xây dựng cảng thị, ban hành luật lệ thương mại,...
Vị trí địa lý thuận lợi: Đàng Trong có bờ biển dài, nhiều cửa sông, thuận lợi cho việc giao thương bằng đường biển.
Nguồn hàng hóa phong phú: Đàng Trong có nhiều sản vật quý giá như tơ lụa, trầm hương, hồ tiêu,... được thị trường quốc tế ưa chuộng.
Nhu cầu trao đổi hàng hóa trong nước: Sự phát triển của kinh tế nông nghiệp và thủ công nghiệp đã tạo ra nhu cầu trao đổi hàng hóa lớn trong nội địa.
Sự tham gia của các thương nhân nước ngoài: Sự có mặt của các thương nhân từ nhiều quốc gia đã thúc đẩy sự phát triển của thương mại ở Đàng Trong.