Người ta phải chọn tác nhân cụ thể khi gây đột biến vì mỗi loại tác nhân có sự tác động khác nhau tới cơ sở vật chất của tính di truyền.
Ví dụ: tia phóng xạ có sức xuyên sâu, dễ gây đột biến gen và đột biến NST (số lượng và cấu trúc); tia tử ngoại có sức xuyên kém nên chỉ dùng để xử lí vật liệu có kích thước bé;mối loại hóa chất sẽ có tác động chuyên biệt, đặc thù đối với loại nuclêôtit nhất định của gen.
Vì thế tùy vào mục đích và đối tượng gây đột biến mà người ta sẽ lựa chọn tác nhân cụ thể để gây đột biến