Một phân tử là phần nhỏ nhất không thể phân chia của một chất hoá học tinh khiết với đặc tính hóa học duy nhất, nghĩa là nó có khả năng thực hiện một số phản ứng hóa học với các chất khác. Tuy nhiên, định nghĩa này chỉ tốt đối với các chất cấu tạo từ các phân tử, mà điều này không đúng với nhiều chất (xem dưới đây). Các phân tử thường là một tập hợp các nguyên tử gắn kết với nhau bằng các liên kết cộng hóa trị, sao cho cấu trúc này là trung hòa về điện tích và tất cả các điện tử hóa trị được ghép nối với các điện tử khác trong các liên kết hoặc trong các cặp đơn (không ở trong liên kết).
Mô hình bóng-và-que cho phân tử caffeine
Như đã nói, các phân tử tồn tại như các đơn vị trung hòa điện, không giống như các ion. Khi quy tắc này bị phá vỡ, "phân tử" lúc này có một điện tích, đôi khi chúng được đặt tên là một ion phân tử hoặc một ion đa nguyên tử. Tuy nhiên, các ion phân tử thường chỉ có ở dạng tách hoàn toàn, chẳng hạn như một chùm trực tiếp trong chân không ở một phổ kế khối. Rất nhiều ion đa nguyên tử này ở trong đất (ví dụ các ion sunfat hoặc nitrat thường gặp),nói chung chúng không được coi là "phân tử" trong hóa học. Một số phân tử có chứa một hoặc nhiều electron không ghép cặp, tạo ra các gốc tự do. Hầu hết các gốc tự do tương đối phản ứng, nhưng một số, chẳng hạn như nitric oxit (NO) có thể ổn định.
Cấu hình bộ khung benzen trên mặt phẳng 2-D
Các nguyên tố khí "trơ" hoặc khí hiếm (heli, neon, argon, krypton, xenon và radon) tồn tại ở đơn vị nhỏ nhất là dưới dạng các nguyên tử đơn độc, nhưng các chất hóa học tách biệt khác thì gồm các phân tử hoặc các mạng nguyên tử liên kết với nhau một cách nào đó. Các phân tử xác định được có thể là các chất quen thuộc như nước(H2O), không khí(0x), và nhiều hợp chất hữu cơ như rượu(C2H6O hoặc C2H5OH), đường(C12H22O11), xăng và các dược phẩm khác nhau.
Tuy nhiên, không phải tất cả các chất hoặc các hợp chất hóa học bao gồm các phân tử rời rạc, và thực tế hầu hết các chất rắn tạo thành lớp vỏ rắn, lớp phủ và lõi của Trái Đất là các hợp chất hóa học mà không có các phân tử. Các loại chất khác, chẳng hạn như các hợp chất ion và các chất rắn trong mạng, được sắp xếp theo cách mà không tìm thấy tồn tại của các phân tử thực chất. Thay vào đó, các chất này được tìm hiểu dưới dạng đơn vị công thức hoặc đơn vị tế bào là cấu trúc lặp lại nhỏ nhất trong chất. Ví dụ về các chất như vậy là các muối (như muối ăn), chất rắn như carbon và kim cương, kim loại, silica và các khoáng chất silicat quen thuộc như thạch anh và granit.
Một trong những đặc tính chính của một phân tử là cấu hình của nó; thường được gọi là cấu trúc hóa học. Trong khi cấu trúc của các phân tử nguyên tử cấu tạo từ hai nguyên tử, ba hoặc bốn có thể dễ đoán, (dạng thẳng, hình chóp góc...) thì cấu trúc của các phân tử đa nguyên tử, được
Ví dụ về các chất tinh khiết. Từ phải qua trái: các nguyên tố Thiếc (Sn) và Lưu huỳnh (S), Kim cương (một dạng thù hình của cacbon), sucrose (đường ăn), và Natri Clorua (muối ăn) và Natri Bicacbonat (bột nở), cả hai đều là hợp chất ion.
cấu thành từ hơn 6 nguyên tử (của một số nguyên tố) có thể rất quan trọng đối với tính chất hoá học của nó.