Tuy nhiên Thứ trưởng Bộ NNPTNT Bùi Bá Bổng cho rằng, so với yêu cầu sản xuất, số giống có năng suất, chất lượng cao, thích hợp với các vùng sinh thái còn thiếu về chủng loại và giống đảm bảo tiêu chuẩn.

Hiện nay, trong cả nước về giống lúa còn thiếu các giống thuần có chất lượng cao phục vụ xuất khẩu, các giống kháng rầy, vàng lùn, lùn xoắn lá, các giống lúa có năng suất, chất lượng cao, thích nghi với nhiều vùng sinh thái; giống cây ăn quả mới có chất lượng cao, đặc biệt là ở miền Bắc; giống rau cho khu vực Đồng bằng Sông Cửu Long; giống cây lâm nghiệp cao sản; giống trâu, bò thịt, bò sữa, gà thịt có năng suất và chất lượng cao; giống nhuyễn thể, cá biển… có năng suất cao, chất lượng, thích hợp cho các vùng sinh thái.

Theo Bộ NNPTNT, thực tế hiện nay, các doanh nghiệp Trung ương và địa phương là những tổ chức chính sản xuất và cung ứng giống phục vụ cho sản xuất đại trà nhưng cơ chế đầu tư chưa thực sự khuyến khích được các thành phần này tham gia vào chương trình giống.

Tỷ lệ giống tiến bộ kỹ thuật được áp dụng trong sản xuất của một số loại vật nuôi còn thấp: Giống tiến bộ kỹ thuật đối với bò thịt, dê được sử dụng trong sản xuất mới đạt khoảng 30%; gia cầm, lợn, tỷ lệ này đạt khoảng trên 50%. Đối với sản xuất giống cây lâm nghiệp hiện nay vấn đề yếu kém nhất là việc đưa giống tiến bộ kỹ thuật vào sản xuất đại trà còn yếu, nhiều khi còn mang tính tự phát; việc khảo nghiệm, khu vực hóa trong một số trường hợp còn thực hiện chưa nghiêm ngặt; …

Về thủy sản, các cơ sở sản xuất giống phần lớn là các trại quy mô nhỏ, cơ sở hạ tầng, thiết bị chưa được đầu tư nhiều, nên lượng giống có tăng nhưng một số đối tượng vẫn chưa đáp ứng được nhu cầu như cá tra, tôm thẻ chân trắng… và chất lượng giống còn chưa cao.