1. Lên men đường

Thử nghiệm lên men trong môi trường canh thang có chứa đường, pepton và cao thịt (để cung cấp các dinh dưỡng phụ cho các vi sinh vật khó lên men), và chất chỉ thị mầu tía cresol brom (chất chỉ thị pH). Nếu có sự lên men đường, thường sinh ra acid. Trường hợp này pH môi trường giảm xuống đã làm cho màu tía cresol brom chuyển từ xanh sang vàng. Cũng như vậy, nếu thêm ống Durham, sẽ cho phép xác định sự sinh hơi (H2) từ quá trình lên men. Kết quả trả lời cuối cùng là sinh acid (+/-) và gas (+/-).
 
Phản ứng lên men trong MT canh thang:
Nếu vi khuẩn không lên men với test đường thì thuốc nhuộm màu tía vẫn còn lại và không sinh gas (trái). Nếu quả trình lên men xảy ra, hầu hết là sinh ra acid, khi đó pH giảm và làm đổi màu của canh thang sang màu vàng (giữa). Nếu sinh gas, ống Durham ở trong đảo ngược lên và nhìn như có bong bóng (phải).
Thủy phân tinh bột

Đĩa thạch tinh bột được sử dụng để thử tính chất thủy phân tinh bột ngoại bào. Tinh bột là 1 phân tử polysacchrid có trọng lượng quá lớn để có thể dịch chuyển vào trong tế bào mà bước đầu không cần bẻ gãy thành những đơn vị nhỏ hơn. Khả năng thủy phân tinh bột phụ thuộc vào sự sản xuất và bài tiết một số men để giáng phân polymer. Sự phá vỡ tinh bột được nhận thấy sau khi ủ ngập đĩa với iod. Phức hợp iod với tinh bột nguyên chất có màu xanh. Nếu vi khuẩn có khả năng phá hủy tinh bột, không có phản ứng xảy ra và ta thấy xuất hiện một vùng trống (không màu) quanh khuẩn lạc.
 
Thủy phân tinh bột:
Các vi khuẩn có khả năng sử dụng tinh bột để tiết ra men amylase, men này được dùng để thủy phân tinh bột. Quá trình tinh bột bị phá vỡ được quan sát thấy khi ta ngâm đĩa tinh bột với iod, quá trình đó đã tạo ra phức hợp màu tía.
Các vi khuẩn thử nghiệm không có khả năng phá vỡ tinh bột sẽ tạo ra đường viền đầy đủ do một vùng màu tía (trái). Khi tinh bột bị phá vỡ sẽ tạo ra một vùng sáng xung quanh đường cấy, trong khi nền của đĩa là màu tía (phải).
 
Môi trường thạch tim (HIA) được sử dụng như một môi trường cho nhiều mục đích, như để xác nhận hình thái khuẩn lạc và phản ứng catalase. Trong suốt quá trình chuyển hoá oxy được tạo ra đã làm nhiễm độc các tế bào, khi đó các enzym đặc biệt của vi khuẩn được tạo ra để giải độc những hợp chất đó. Một trong các enzym đó là catalase có tác dụng phân giải H2O2 tạo thành oxy và nước. Đây là một thử nghiệm dễ dàng để phát hiện enzym này trong vi khuẩn khi sử dụng H2O2  3%. 
iáng hoá tryptophan thành Indole 

Canh thang Tryptone chứa nồng độ cao amino acid tryptophan. Một số vi sinh vật có khả năng phân hủy tryptophan thành indole và khả năng này được dùng để phân biệt các vi khuẩn. Thử nghiệm được thực hiện bằng cách thêm chất thử Kovac vào canh cấy, kết quả là nếu xuất hiện indole thì sẽ có vòng màu đỏ ở phía trên của canh cấy. Ví dụ, phản ứng dương tính và âm tính của thử nghiệm indole trong hình 7.
 
Quá trình giáng hoá indole
Dương tính cho 1 vòng tròn máu đỏ phía trên môi trường (trái), âm tính là 1 vòng tròn mầu nâu hoặc trong mờ đục (phải).
Việc xác định các vi sinh vật bằng các thử nghiệm hoá sinh trên đã được thực hiện qua nhiều thế kỷ và đã được tiêu chuẩn hoá. Để các thử nghiệm này được tiến hành thuận lợi hơn, các nhà sản xuất đã chế tạo ra những bộ kit chẩn đoán nhanh để định danh vi khuẩn, ví dụ như strip Api 20.Các thử nghiệm hoá sinh ở đây đã được nghiên cứu và thu nhỏ. Strip Api-20 là một ví dụ về các thử nghiệm loại này, mỗi Strip có 20 test được thực hiện bằng phương thức đơn giản giúp tiết kiệm thời gian và kinh phí. Thử nghiệm đầu tiên giúp nhận biết sự có mặt của enzyme õ-galatosidase, đây là enzym có liên quan tới quá trình dị hoá lactose. Ba phản ứng tiếp theo (theo thứ tự là arginin, lysin and ornithin) là thử nghiệm tách carboxyl của amino acid. Phản ứng decarboxyl được cho thấy bằng 1 phản ứng kiềm (màu đỏ của chất chỉ thị đặc hiệu được sử dụng). Chín thử nghiệm tiếp theo là xác định sự lên men carbohydrat (glucose, mannitol, inositol, sorbitol, rhamnose, sucrose, melibiose, amygdalin và arabinose). Sự lên men được thể hiện bằng 1 phản ứng acid (màu vàng của chất chỉ thị). Sự có mặt của sản phẩm H2S và gelatin hydrolysis (GEL) được thể hiện bằng mầu đen bao phủ khắp ống. Phản ứng dương tính của tryptophan deaminase (TDA) thể hiện bằng màu nâu sẫm khi thêm thuốc thử là FeCl3. Kết quả dương tính của test này giống với phản ứng dương tính của phenylalanin và lysie deaminase, là những phản ứng đặc trưng của Proteus, Morganella and Providencia.