- Trong những năm 1883 - 1885, địa bàn hoạt động của nghĩa quân chỉ hạn chế trong vùng Bãi Sậy.

- Từ năm 1885 đến cuối năm 1887, nghĩa quân đẩy lùi nhiều cuộc càn quét của Pháp ở vùng Văn Giang, Khoái Châu và vùng căn cứ Hai Sông. Nhiều trận đánh diễn ra ác liệt trên địa bàn các tỉnh Hưng Yên, Hải Dương, Bắc Ninh, Thái Bình, Quảng Yên.

- Từ năm 1888, nghĩa quân bước vào giai đoạn chiến đấu quyết liệt. Quân Pháp tiến hành đàn áp dã man, nghĩa quân chiến đấu rất dũng cảm, nhưng lực lượng ngày càng giảm sút và rơi dần vào thế bị bao vây, cô lập.

- Tháng 7-1889, Nguyễn Thiện Thuật phải lánh sang Trung Quốc. Phong trào tiếp tục một thời gian rồi tan rã vào năm 1892.