Hô hấp kỵ khí cho hiệu quả năng lượng thấp hơn hô hấp hiếu khí. Nguyên nhân là do hô hấp kị khí là con đường lên men rượu hoặc các axit hữu cơ như axit lactic hay rượu ethanol, tế bào sẽ chỉ lấy đc một phần rất nhỏ năng lượng trong phân tử bởi những sản phẩm tạo thành là những chất còn khá phức tạp về mặt cấu trúc hóa học, chưa đc phân giải hết thành những chất đơn giản. Vì thế năng lượng trong hô hấp kỵ khí sẽ ít hơn trong hô hấp hiếu khí.