Phân tích sự biến đổi về cấu tạo hệ tiêu hoá ở động vật, chúng ta có thể chia thành các giai đoạn chính như sau:

1. Sự xuất hiện của tiểu đường - Loại đầu tiên của hệ tiêu hoá xuất hiện ở các động vật đơn bào, tiểu đường giúp cho việc hấp thụ và trao đổi chất trong cơ thể đơn giản hơn. Các tế bào tiểu đường xuất hiện ở các loài sớm nhất như giun đất và các loài động vật đơn bào khác.

2. Sự xuất hiện của túi tiêu hoá - Các loài động vật sớm hơn bắt đầu có thể hình thành túi tiêu hoá đơn giản, nhưng chúng chỉ có một lỗ để hấp thụ và xả thức ăn. Ví dụ như cnidarians (tia chớp, san hô, sứa, ...) đã phát triển túi tiêu hoá có lỗ đôi ở đầu giữa để cho thức ăn đi vào và ra khỏi hệ tiêu hoá.

3. Sự phát triển của hệ tiêu hoá hai lỗ - Các loài sau này phát triển hệ tiêu hoá hai lỗ với lỗ miệng và lỗ hậu môn riêng biệt. Hệ tiêu hoá hai lỗ xuất hiện ở các loài giun, động vật xương sống nhỏ, động vật không xương sống và thủy văn.

4. Sự phát triển của hệ tiêu hoá một lỗ - Các loài động vật tiếp theo phát triển hệ tiêu hoá một lỗ với một lỗ chung cho việc tiêu hoá thức ăn và xả thải. Hệ tiêu hoá một lỗ xuất hiện ở các loài động vật như sâu bọ, giun dẹp, nhện, tôm, ốc, ...

5. Sự phát triển của hệ tiêu hoá phức tạp - Các loài động vật phát triển hệ tiêu hoá phức tạp để phù hợp với nhu cầu tiêu hóa thức ăn phức tạp hơn