1. Hạn chế về sự linh hoạt: Phần mềm máy tính có thể hạn chế sự linh hoạt trong việc tạo sơ đồ tư duy so với việc vẽ bằng tay. Người dùng có thể gặp khó khăn trong việc thay đổi cấu trúc sơ đồ hoặc thêm thông tin mới một cách nhanh chóng.

2. Phụ thuộc vào công nghệ: Sơ đồ tư duy trên phần mềm máy tính có thể phụ thuộc vào công nghệ và phần mềm cụ thể, điều này có thể tạo ra rủi ro khi phần mềm không còn được hỗ trợ hoặc cập nhật.

3. Khả năng gây mệt mỏi: Sử dụng phần mềm máy tính để tạo sơ đồ tư duy có thể gây mệt mỏi cho mắt và não bộ do phải nhìn vào màn hình máy tính trong thời gian dài.

4. Khó khăn trong việc chia sẻ và làm việc nhóm: Phần mềm máy tính có thể gây khó khăn trong việc chia sẻ sơ đồ tư duy và làm việc nhóm do yêu cầu cài đặt phần mềm trên nhiều thiết bị và đồng bộ hóa dữ liệu.

5. Chi phí: Một số phần mềm tạo sơ đồ tư duy trên máy tính có thể đắt đỏ và yêu cầu chi phí đầu tư ban đầu cao.