Nguyên tử có cấu tạo rỗng. Cấu trúc của nguyên tử được chia thành hai phần chính: hạt nhân và vỏ nguyên tử.

1. **Hạt nhân (Nucleus)**: Hạt nhân nằm ở trung tâm của nguyên tử, chứa các proton (có điện tích dương) và neutron (không mang điện). Hạt nhân chiếm hầu hết khối lượng của nguyên tử nhưng lại chiếm rất ít không gian.

2. **Vỏ nguyên tử (Electron cloud)**: Vỏ nguyên tử bao quanh hạt nhân, chứa các electron (có điện tích âm) chuyển động xung quanh. Không gian giữa hạt nhân và vỏ nguyên tử chiếm một phần lớn thể tích của nguyên tử, vì electron thường nằm trong "các orbital" (quỹ đạo) mà không ở vị trí xác định cố định, tạo ra không gian rỗng.

Tóm lại, mặc dù nguyên tử có cấu trúc nguyên tử tương đối nhỏ gọn, nhưng về mặt cấu trúc, nguyên tử chủ yếu là không gian rỗng.