Do phân hữu cơ có tác dụng chậm nên thường dùng để bón lót là chính.

Tuy nhiên phân bón hữu cơ có thể dùng để bón thúc. Với phân hữu cơ truyền thống, phân hữu cơ sinh học nên bón thúc sớm để đạt hiệu quả cao và không nên dùng bón thúc cho cây ngắn ngày; còn phân hữu cơ khoáng được dùng chủ yếu để bón thúc nên phù hợp với cả cây ngắn ngày.