Những đặc tính ưu việt của enzyme là cơ sở khoa học của việc ứng dụng công nghệ enzyme trong các lĩnh vực khác nhau của đời sống:

- Enzyme có trung tâm hoạt động liên kết đặc hiệu với cơ chất. Do đó, mỗi enzyme chỉ tác động lên một hay một số chất có cấu hình không gian tương ứng tạo nên tính đặc hiệu của enzyme.

- Một số enzyme có vùng cấu trúc dị lập thể, có thể liên kết với chất hoạt hóa dị lập thể để ức chế hoặc tăng cường hoạt động của enzyme. Do đó, có thể ứng dụng trong điều trị bệnh hoặc chủ động sản xuất các chế phẩm với số lượng mong muốn.

- Enzyme có điều kiện hoạt động ôn hòa. Đồng thời, nhờ khả năng làm giảm năng lượng hoạt hóa, phản ứng có enzyme xúc tác xảy ra nhanh hơn nhiều lần so với khi xúc tác bằng chất hóa học khác; enzyme cũng có khả năng xúc tác chuyển hóa cho một lượng cơ chất rất lớn chỉ với lượng enzyme rất nhỏ. Do đó, enzyme sử dụng trong các lĩnh vực sản xuất sẽ tiết kiệm được chi phí, thời gian giúp tăng hiệu quả sản xuất, hạ giá thành sản phẩm.

- Nguồn nguyên liệu để thu nhận enzyme rẻ tiền; dễ kiếm; không gây độc cho con người, các sinh vật khác và môi trường.