Nguyên nhân gây bệnh phân trắng lợn con:

- Điều kiện vệ sinh, dinh dưỡng: Lợn mẹ giai đoạn mang thai không được nuôi dưỡng, chăm sóc thích hợp; lợn con theo mẹ không được cung cấp đủ chất dinh dưỡng; chuồng trại ẩm ướt, lạnh, bẩn.

- Đặc điểm sinh lí lợn con: Lợn mới sinh ra có hệ tiêu hoá chưa hoàn chỉnh nên khả năng tiêu hoá kém; trung khu điều tiết nhiệt độ cơ thể và hệ miễn dịch chưa hoàn chỉnh làm cho con vật khó thích nghi với thay đổi môi trường và dễ nhiễm bệnh.

- Vi khuẩn: Khi sức đề kháng của con vật bị giảm thì các loại vi khuẩn đường ruột như E.coli và Salmonella sẽ phát triển mạnh và tăng khả năng gây bệnh.