- Giống nhau: Sinh sản ở vi sinh vật nhân sơ và vi sinh vật nhân thực đều là sự tạo ra tế bào vi sinh vật mới; đều có các hình thức là phân đôi, nảy chồi, hình thành bào tử vô tính.

- Khác nhau: Ở vi sinh vật nhân sơ chỉ có hình thức sinh sản vô tính, ở vi sinh vật nhân thực có cả hình thức sinh sản vô tính và hình thức sinh sản hữu tính (sinh sản bằng bào tử hữu tính).