- Khác nhau về cấu tạo: Các amino acid đều được cấu tạo từ một nguyên tử carbon trung tâm liên kết với một nhóm amino (-NH₂), một nhóm carboxyl (-COOH), một nguyên tử H và một chuỗi bên còn gọi là nhóm R. Như vậy, các amino acid khác nhau ở nhóm R.

- Khác nhau về vai trò đối với cơ thể: Trong số 20 loại amino acid, có 9 loại amino acid không thay thế (cơ thể không tự tổng hợp được mà phải lấy từ thức ăn) và 11 loại amino acid thay thế (cơ thể có thể tự tổng hợp được).