Nước sau quá trình nuôi thuỷ sản có chứa nhiều chất độc hại (sinh ra từ thức ăn thừa, chất thải của động vật thuỷ sản, xác động vật thuỷ sản,...) đối với môi trường và con người. Do vậy, phải có các biện pháp xử lí nước thải nuôi thuỷ sản. Các biện pháp được đưa ra sau đây:

a) Tuyển chọn và bổ sung hệ vi sinh vật có lợi, có khả năng phân giải các chất hữu cơ và các chất độc vào môi trường sau nuôi thuỷ sản.