Điểm khác nhau trong con đường tổng hợp chất hữu cơ ở các nhóm vi khuẩn hoá tổng hợp là chúng sử dụng các chất cho hiđrô khác nhau:

- Nhóm vi khuẩn lấy năng lượng từ các hợp chất chứa lưu huỳnh có khả năng ôxi hoá H2S để lấy một phần năng lượng.

- Nhóm vi khuẩn lấy năng lượng từ các hợp chất chứa nitơ có khả năng ôxi hoá NH3 thành axit nitơ để lấy một phần năng lượng.

- Nhóm vi khuẩn lấy năng lượng từ các hợp chất chứa sắt có khả năng ôxi hoá sắt hoá trị 2 thành sắt hoá trị 3 để lấy một phần năng lượng.

- Nhóm vi khuẩn lấy năng lượng từ hiđrô có khả năng ôxi hoá hiđrô phân tử để lấy một phần năng lượng.