Phân tử amoniac có dạng hình chóp tam giác theo dự đoán của thuyết đẩy cặp electron lớp vỏ hóa trị (thuyết VSEPR) với góc liên kết xác định bằng thực nghiệm là 106,7°. [13] Nguyên tử nitơ trung tâm có năm electron lớp ngoài cùng với một electron bổ sung từ mỗi nguyên tử hydro. Điều này tạo ra tổng cộng tám điện tử, hoặc bốn cặp điện tử được sắp xếp theo hình tứ diện. Ba trong số các cặp electron này được sử dụng như các cặp liên kết, chúng để lại một cặp electron duy nhất . Cặp đơn lẻ đẩy mạnh hơn các cặp liên kết, do đó góc liên kết không phải là 109,5 °, như mong đợi đối với sắp xếp tứ diện đều, mà là 106,7°. [13] Hình dạng này tạo cho phân tử một momen lưỡng cực và làm cho nó phân cực . Tính phân cực của phân tử, và đặc biệt, khả năng hình thành liên kết hydro của nó, làm cho amoniac có thể trộn lẫn với nước rất cao. Cặp đơn độc làm cho amoniac trở thành một bazơ, một chất nhận proton. Amoniac có tính bazơ vừa phải; Dung dịch nước 1,0 M có pH là 11,6, và nếu thêm axit mạnh vào dung dịch như vậy cho đến khi dung dịch trung tính (pH = 7), 99,4% số phân tử amoniac được proton hóa. Nhiệt độ và độ mặn cũng ảnh hưởng đến tỷ lệ NH4+. Sau này có hình dạng của một tứ diện đều và là đẳng điện tử với mêtan .

Mặc dù một phân tử diatomic, HF tạo thành các liên kết hydro liên phân tử tương đối mạnh. HF thể rắn bao gồm chuỗi zigzag của các phân tử HF. Các phân tử HF, có liên kết H-F ngắn 95 giờ, được liên kết với các phân tử lân cận bằng khoảng cách H-F liên phân tử từ 155 pm[3]. HF lỏng cũng bao gồm các chuỗi các phân tử HF, nhưng các chuỗi là ngắn hơn, bao gồm trung bình chỉ có năm hoặc sáu phân tử[4].