Thực hiện quyết tâm đó, trước hết, Nguyễn Huệ và Bộ Chỉ huy quân Tây Sơn đã triệt để lợi dụng địa hình thiên hiểm, bí mật tạo lập thế trận hiểm hóc đánh địch. Đây là một trong những nét nghệ thuật quân sự đặc sắc, một nguyên tắc giành thắng lợi trong tác chiến. Nếu tận dụng được địa hình, tổ chức bố trí lực lượng, phương tiện chặt chẽ, khoa học, hình thành thế trận liên hoàn, hiểm hóc, “dồn địch mà đánh, chia địch ra mà diệt”, đánh địch cả phía trước, bên sườn, phía sau, làm cho địch không biết đâu mà chống đỡ đẩy địch vào thế bị động, tinh thần hoang mang dẫn tới bị tiêu diệt. Nắm chắc được điều đó, Nguyễn Huệ đã quyết định lựa chọn sông Mỹ Tho, đoạn từ Rạch Gầm đến Xoài Mút để quyết chiến với địch. Bởi lẽ, đây là đoạn sông dài khoảng 07 km, lòng sông rộng, đủ để dồn hàng trăm chiến thuyền quân Xiêm. Đồng thời, với sự kết hợp tự nhiên giữa hai con sông nhỏ Rạch Gầm, Xoài Mút, sông Trước, sông Sau1 với địa thế hai bên bờ sông Mỹ Tho và cù lao Mỹ Sơn, tạo ra thế thiên hiểm trong hoạt động tác chiến và điều này đã được vị tướng đầy mưu lược Nguyễn Huệ phát hiện. Từ thực tế đó, Nguyễn Huệ triệt để lợi dụng sự thiên hiểm của địa hình, tạo lập thế trận mai phục hiểm hóc. Theo đó, thủy quân và thuyền chiến Tây Sơn được giấu kín trên hai sông Rạch Gầm, Xoài Mút và sông Sau; pháo binh và bộ binh được bố trí bí mật ở hai bên bờ sông Mỹ Tho và trên cù lao Thới Sơn. Với thế trận này, khi quân Xiêm - Nguyễn lọt vào sông Trước, lực lượng thủy binh Tây Sơn từ hai con sông nhỏ Rạch Gầm và Xoài Mút tiến ra đánh “chặn đầu, khóa đuôi”, dồn thuyền giặc vào khu vực lựa chọn. Lực lượng pháo binh Tây Sơn nắm chắc thời cơ, bắn xối xả vào thuyền chiến quân Xiêm - Nguyễn, kết hợp với bộ binh đánh “thốc” vào bên sườn đội hình cơ động của giặc, chia cắt đội thuyền chiến Xiêm - Nguyễn ra nhiều mảng để tiêu diệt.
Thứ hai, thực hiện mưu kế “điệu hổ ly sơn” dẫn dắt chúng vào nơi ta chuẩn bị để tiêu diệt. Trên thực tế, với hai vạn quân Xiêm, 300 chiến thuyền, cùng mấy nghìn quân Nguyễn chỉ tập trung chiếm giữ khu vực Sa Đéc. Xét về tương quan so sánh lực lượng, thế trận, địch tập trung một lực lượng khá lớn, không thể đánh thắng dễ dàng; địa điểm chiếm đóng của chúng lại ở đoạn đầu sông Tiền Giang, nên có ưu thế về dòng chảy giúp cho tốc độ vận động trong triển khai và thực hành tác chiến của thủy quân Xiêm càng thuận lợi. Đây chính là điều bất lợi cho quân Tây Sơn nếu đánh thẳng vào Sa Đéc. Trước tình hình đó, với tài thao lược sắc sảo, chủ tướng Nguyễn Huệ đã thực hiện mưu kế “điệu hổ ly sơn” - kéo địch rời khỏi căn cứ, dẫn dụ chúng vào nơi chuẩn bị sẵn để tiêu diệt với một kế hoạch nghi binh hoàn hảo đến mức làm cho các tướng Xiêm - Nguyễn ngỡ rằng đó chính là kế hoạch tiến quân tiếp theo của chúng.
Thực tế cho thấy, sau khi bố trí xong trận địa, Nguyễn Huệ cho một bộ phận thủy quân Tây Sơn thường xuyên khiêu khích giặc ở Sa Đéc, một bộ phận dàn thuyền chiến chắn ngang khúc sông Rạch Gầm - Xoài Mút, cố ý như án binh, bất động,… để nhử giặc. Các tướng Xiêm chủ quan, cậy có ưu thế, muốn nhân việc truy kích quân Tây Sơn mà “tương kế, tựu kế” tận dụng thời cơ tiến xuống đánh chiếm Mỹ Tho. Ngày 18-01-1785, toàn bộ thủy quân Xiêm - Nguyễn ở Sa Đéc được lệnh tiến theo sông Mỹ Tho, đánh đuổi lực lượng thủy quân Tây Sơn. Thủy quân Tây Sơn thực hiện mưu kế “giả chết bắt quạ”, đánh trả một cách yếu ớt, vừa đánh vừa lui. Quân Xiêm nhận định toàn bộ quân Tây Sơn đã lộ diện. Không chần chừ, các tướng Xiêm đốc thúc ba quân đuổi theo thủy quân Tây Sơn. Do nhờ thuận chiều gió và đà nước trên sông Mỹ Tho bắt đầu rút, binh thuyền quân Xiêm ồ ạt bám đuổi thủy binh Tây Sơn. Đến cuối chiều, khi trời bắt đầu tối, thuyền giặc cứ theo ánh sáng đèn của thủy quân Tây Sơn rượt đuổi mà không biết rằng trên đường rút lui để nhử địch, thủy quân của Tây Sơn đã dần dần tắt đèn, tấp thuyền sang hai bên bờ, lẩn vào các ngách sông, còn đoàn chiến thuyền quân Xiêm – Nguyễn vẫn hăng hái tiến về hướng Mỹ Tho. Đến lúc lọt vào khu vực Rạch Gầm - Xoài Mút, chúng chỉ thấy đoàn thuyền binh Tây Sơn lác đác còn vài chiếc. Biết là đã bị mắc mưu Tây Sơn, thủy quân Xiêm - Nguyễn “tiến thoái lưỡng nan” đành liều mình tìm cách chống đỡ khi nghe tiếng pháo lệnh tiến công của quân Tây Sơn rền vang.
Thứ ba, phục kích, vận động tiêu diệt địch. Đúng như dự đoán, đoàn thuyền chiến của quân Xiêm - Nguyễn bị lực lượng thủy quân Tây Sơn nhử, “dẫn dắt” vào khu vực quyết chiến đã lựa chọn. Trận đánh được khởi đầu với việc hai đội thủy binh phục kích của Tây Sơn từ Rạch Gầm và Xoài Mút bất ngờ lao ra, chặn đánh hai đầu, dồn quân địch vào vòng vây đã bố trí sẵn. Đồng thời, đại bác của quân Tây Sơn bố trí ở hai bên bờ sông và trên cù lao Thới Sơn bắn xối xả vào khúc giữa đoàn thuyền giặc lúc bấy giờ đang bị ùn lại. Bị chặn đầu, khóa đuôi và bị quân Tây Sơn áp đảo từ đầu, quân địch hết sức hốt hoảng, đội hình rối loạn. Quân Xiêm - Nguyễn chưa kịp hoàn hồn bởi đợt pháo kích dồn dập, lại phải căng mình chống đỡ các đợt tiến công mãnh liệt của các đội thuyền chiến Tây Sơn từ các vị trí mai phục đánh thẳng vào “mạng sườn” đội hình đang bị dồn ứ của giặc và chiến thuyền của Tây Sơn từ Mỹ Tho kịp thời đến tăng cường. Dưới sự chỉ huy và đốc chiến của Nguyễn Huệ, quân Tây Sơn lao vào cuộc quyết chiến chiến lược với một tinh thần quả cảm. Quân thủy, quân bộ Tây Sơn phối hợp với nhau, khép chặt vòng vây, tiêu diệt quân địch hết mảng này đến mảng khác, đẩy thủy quân giặc vào một tình thế hiểm nghèo, vừa bị vây hãm về chiến dịch, vừa bị chia cắt về chiến thuật dẫn tới đội hình tan vỡ, quân lính khiếp đảm. Hàng loạt thuyền chiến của giặc lần lượt bị đánh đắm, vô số quân lính bị giết chết tại trận, kẻ bị trúng đạn, trúng tên, kẻ bị gươm, giáo đâm chém, kẻ bị chết đuối giữa dòng nước, v.v. Một số quân địch sống sót cố bơi vào bờ để tìm đường trốn thoát, nhưng đã bị lực lượng bộ binh Tây Sơn đón lõng tiêu diệt. Số phận khoảng chừng ba, bốn nghìn quân của Nguyễn Ánh cũng không hơn gì quân Xiêm, hoàn toàn bị tan rã. Các tướng Nguyễn đều lo chạy thoát thân, mỗi người mỗi ngả. Riêng đối với lực lượng bộ binh Xiêm ở Trà Tân cũng cuống cuồng tháo chạy về nước, trước sự phản công dũng mãnh của quân Tây Sơn ngay sau khi đại phá thủy quân Xiêm ở Rạch Gầm - Xoài Mút. Theo nhà nghiên cứu lịch sử Nguyễn Lương Bích, sau trận Rạch Gầm - Xoài Mút “thì có thể, ngay canh năm ngày 19, quân đội Tây Sơn tiến công quân Xiêm ở Trà Tân”2.
Cuộc tiến công xâm lược quy mô lớn của quân Xiêm đã bị quân Tây Sơn dưới sự chỉ huy sáng suốt, tài tình của Nguyễn Huệ đập tan chỉ trong một trận đánh. Thắng lợi của trận Rạch Gầm - Xoài Mút cho chúng ta thấy tài thao lược của thiên tài quân sự Nguyễn Huệ, từ việc chọn hình thức tiến công địch đang vận động, lựa chọn khu vực tác chiến, đến vận dụng thủ đoạn kéo địch ra xa căn cứ để tiêu diệt - thể hiện nét đặc sắc của nghệ thuật quân sự Việt Nam. Đây là bài học quý cần tiếp tục được nghiên cứu, kế thừa và phát triển sáng tạo trong sự nghiệp bảo vệ Tổ quốc.