Sau khi chiếm ba tỉnh miền Đông Nam Kì, thực dân Pháp bắt tay vào việc tổ chức bộ máy cai trị và chuẩn bị mở rộng phạm vi chiếm đóng.
Năm 1863, thực dân Pháp dùng vũ lực áp đặt nền bảo hộ lên đất Cam-pu-chia. Sau đó, chúng vu cáo triều đình Huế vi phạm các điều đã cam kết trong Hiệp ước 1862, yêu cầu triều đình giao nốt cho chúng quyền kiểm soát cả ba tỉnh miền Tây Nam. Trước yêu cầu này, triều đình vô cùng lung túng.
Lợi dụng sự bạc nhược của triều đình Huế, ngày 20-6-1867, quân Pháp kéo đến trước thành Vĩnh Long, ép Phan Thanh Giản (lúc đó đang giữ chức Kinh lược sứ của triều đình) phải nộp thành không điều kiện. Chúng còn khuyên ông viết thư cho quan quân hai tỉnh An Giang và Hà Tiên hạ vũ khí nộp thành. Trong vòng 5 ngày (từ 20 đến 24-6-1867), thực dân Pháp đã chiếm gọn ba tỉnh miền Tây Nam Kì (Vĩnh Long, An Giang, Hà Tiên) mà không tốn một viên đạn.