Từ năm 1867, sau khi cả sáu tỉnh Nam Kì rơi vào tay Pháp, tư tưởng đầu hàng đã chi phối các quan lại cao cấp trong triều đình Huế. Nhà Nguyễn vẫn tiếp tục chính  sách “bế quan tỏa cảng”, tuy đã bắt đầu cử người sang phương Tây học kĩ thuật hoặc vào Nam học tiếng Pháp.
Đối với sáu tỉnh Nam Kì, dường như triều đình Huế đã mặc  nhiên thừa nhận đó là vùng đất của Pháp, không nghĩ gì đến việc giành lại.
Nền kinh tế của đất nước ngày càng bị kiệt quệ vì triều đình vơ vét tiền bạc để trả chiến phí cho Pháp.
Đời sống ngày một khó khăn, mâu thuẫn xã hội ngày càng gay gắt, nhân dân bất bình đứng lên chống triều đình ngày một nhiều. Dọc theo biên giới hai nước Việt-Lào, đồng bào Mường ngoài Bắc và đồng bào Thượng ở Nam Trung Kì nổi dậy. Lợi dụng tình thế đó, bọn thổ phỉ, hải phỉ (từ Trung Quốc tràn sang) cũng nổi lên cướp phá ở nhiều nơi. Để đối phó, nhà Nguyễn đã đàn áp đẫm máu các cuộc khởi nghĩa nông dân, đồng thời cầu cứu nhà Thanh phái quân sang đánh dẹp các toán phỉ. Trong khi đó, ở Nam Kì thực dân Pháp ráo riết chuẩn bị cho việc thôn tính cả nước ta.
Đứng trước vận nước nguy nan, một số quan chức, sĩ phu có học vấn cao, có dịp đi nước ngoài, tầm mắt rộng mở như : Nguyễn Hiệp, Phạm Phú Thứ, Đặng Huy Trứ, Đinh Văn Điền….và nhất là Nguyễn Trường Tộ, đã mạnh dạn dâng lên triều đình những bản điều trần, bày tỏ ý kiến cải cách duy tân. Nhưng phần lớn các đề nghị cải cách đã không được thực hiện.