Tuy nhiên, thực tiễn gần 10 năm thực hiện Nghị quyết số 19-NQ/TW khóa XI vẫn còn có những hạn chế, bất cập: Thứ nhất, nguồn lực về đất đai phát huy chưa đúng tiềm năng. Ở nhiều nơi, sử dụng đất còn lãng phí, hiệu quả thấp; tiếp cận quyền sử dụng đất vẫn là một trong những rào cản; vấn đề tích tụ, tập trung ruộng đất chưa đáp ứng được yêu cầu của thực tiễn nhu cầu sản xuất nông nghiệp hàng hóa quy mô lớn; tình trạng suy giảm chất lượng, ô nhiễm, thoái hóa đất, xâm thực diễn biến phức tạp, có xu hướng tăng về cả quy mô và mức độ, một số nơi diễn ra nghiêm trọng;... Thứ hai, công tác quản lý nhà nước về đất đai còn bộc lộ nhiều bất cập, chưa theo kịp yêu cầu phát triển đất nước; việc thể chế hóa chủ trương, chính sách, pháp luật về đất đai chưa đồng bộ; công tác quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất còn nhiều vướng mắc; vấn đề chuyển đổi mục đích sử dụng đất, giao đất, cho thuê, thu hồi, giải phóng mặt bằng, xác định giá đất chưa phù hợp với nguyên tắc thị trường. Thứ ba, các quy định về quyền sở hữu tài sản trên đất còn bất cập; chính sách điều tiết giá trị tăng thêm từ đất chưa bảo đảm lợi ích của Nhà nước và người dân; thông tin, dữ liệu, thủ tục hành chính về đất đai còn hạn chế; thị trường bất động sản chưa minh bạch, tình trạng đầu cơ, “thổi” giá, thất thu thuế cho ngân sách còn nhiều. Thứ tư, tình trạng khiếu kiện, tranh chấp đất đai gây mất ổn định chính trị, xã hội còn diễn biến phức tạp; nhiều vụ án tham nhũng, lãng phí lớn liên quan đến đất đai, không ít cán bộ từ Trung ương đến địa phương bị xử lý, kỷ luật; tranh chấp, xung đột về đất đai có lúc, có nơi kéo dài, gây mất ổn định an ninh, trật tự xã hội. Thứ năm, công tác tổ chức thực hiện chính sách, pháp luật về đất đai ở một số địa phương, cơ quan, đơn vị chưa nghiêm; tổ chức bộ máy quản lý đất đai phân tán, thiếu đồng bộ; việc phân cấp, phân quyền chưa rõ về phạm vi, lĩnh vực, thẩm quyền và trách nhiệm,...