Một số biện pháp làm giảm thiểu tác hại của phân bón đến môi trường:

- Bón phân có vùi lấp để hạn chế sự mất dinh dưỡng, tăng hiệu suất sử dụng phân bón, giảm ô nhiễm môi trường.

- Không lưu trữ phân bón hữu cơ gần nơi sinh sống của người và động vật để tránh mùi và tránh lây lan các mầm bệnh từ vi sinh vật có hại trong phân bón.

- Sử dụng phân bón đúng cách, hợp lí, đúng nguồn gốc và kết hợp hài hoà giữa phân bón vô cơ và phân bón hữu cơ.