Giữa cây Hạt trần và cây Hạt kín có những điểm phân biệt là:
+ Cơ quan sinh dưỡng:
- Cây hạt trần: Rễ cọc, thân gỗ, lá kim.
- Cây hạt kín rất đa dạng: Rễ cọc, rễ chùm; thân gỗ, thân cỏ...; lá đơn, lá kép...
+ Cơ quan sinh sản:
- Cây hạt trần: Chưa có hoa và quả, cơ quan sinh sản là nón, hạt nằm trên lá noãn hở
- Cây hạt kín: Có hoa , cơ quan sinh sản là hạt, hạt nằm trong quả
- Đặc điểm quan trọng nhất: Hạt nằm trong quả (Trước đó là noãn nằm trong bầu) là một ưu thế của cây hạt kín vì nó được bảo vệ tốt hơn.

Cây rêu & thực vật Hạt trần:
- Rêu :
+ Rễ giả
+ Thân : chưa có mạch dẫn, chưa có sự phân nhánh
+ Lá : chưa có mạch dẫn
Thực vật hạt trần:
+Rễ, thân, lá thật.
+Có mạch dẫn.
+Chưa có hoa, quả. Cơ quan sinh sản là nón.
+Hạt nằm trên lá noãn hở.

Cây rêu & thực vật Hạt kín:
- Rêu : 
+ Rễ giả 
+ Thân : chưa có mạch dẫn, chưa có sự phân nhánh 
+ Lá : chưa có mạch dẫn 
Hạt kín:
+ Rễ thân, lá thật; rất đa dạng.
+ Có mạch dẫn hoàn thiện.
+ Có hoa : Cơ quan sinh sản là hoa quả.
+ Hạt nằm trong quả.

Cây dương xỉ & thực vật Hạt trần:
- Dương xỉ :
+ rễ thật
+ thân có mạch dẫn
+ lá có mạch dẫn
-Thực vật hạt trần:
+Rễ, thân, lá thật.
+Có mạch dẫn.
+Chưa có hoa, quả. Cơ quan sinh sản là nón.
+Hạt nằm trên lá noãn hở.

- Cây dương xỉ & thực vật Hạt kín:
- Dương xỉ :
+ rễ thật
+ thân có mạch dẫn
+ lá có mạch dẫn
-Hạt kín:
+ Rễ thân, lá thật; rất đa dạng.
+ Có mạch dẫn hoàn thiện.
+ Có hoa : Cơ quan sinh sản là hoa quả.
+ Hạt nằm trong quả.